Garantikassen for prosentfiskere og fangstfolk ble etablert i 1936 (da under navnet Statens Garantifond for fiskere og fangstfolk på prosentvilkår), og dekket de fiskere som sto tilsluttet Norsk Sjømannsforbund og som hadde tariffavtale med med Fiskebåtredernes Forbund. Det gjaldt farøyer over 100 BRT og som drev fiske på visse fjerne farvann. Etter hvert ble ordningen utvidet til å omfatte alt fiske på fjernere farvann, og fra 1954 ble også vintersildfisket med snurpenot lagt inn under ordningen.

Garantikassen for lottfiskere ble etablert i 1956 og skulle i prinsippet dekke de øvrige fiskere. En garantert minstelottordning for kystfisket ble etablert og omfattet i første omgang lottfiskere under vinterfisket, lofotfisket og vårtorskefisket i Finnmark. Garantiordningen for lott- og pensjonsfiske ble etterhvert utvidet til å omfatte de fleste fiskerier.

Spørsmålet om en full sammenslåing av de to garantikassene ble vurdert med visse mellomrom. I 1966 ble det utarbeidet felles vedtekter for de to organene, samtidig som både finansieringen og ytelsene ble samordnet. Det ble også innført felles styremøter.

Med innføringen av de nye arbeidsoppgavene fra 1. januar 1980, arbeidsledighetstrygden og ferieordningen for fiskere, ble det påkrevet med en konsentrasjon av administrasjonen. Full sammenslåing av de to garantikassene ble gjennomført fra 1. januar 1980, og den nye felles organisasjonen fikk navnet Garantikassen for Fiskere.